Lilimath propose plus de 200 exercices à la fois géométriques et algébriques portant sur une bonne partie des programmes de la 6e à la seconde. L'utilisation de ces exercices est facilitée par une interface graphique commune et par un menu général qu'il est possible d'adapter à ses besoins. Un suivi des résultats des élèves est prévu. De nombreux exercices sont configurables (adaptation des énoncés existants ou création de nouveaux énoncés).
LiliMath propose aussi des outils de dessin géométrique et de calcul : IMAGEO pour la construction de figures planes, MINILOGO pour une initiation à la programmation avec la tortue LOGO, GEOLAP pour la construction de solides, un tableur, un traceur de courbes, un mini-basic français...