Ce roman nous invite à partager une quête scientifique dans la peau d'Armand, mathématicien (chercheur au CERN, obsédé par les espaces de Hilbert), de Charlotte (physicienne rescapée d'un séjour quantique) et d'un as de l'informatique, Ali.
Tout commence par la réception de spectres mystérieux captés par un des scientifiques de l'observatoire d'Alma, au Chili, dans le désert d'Atacama. Armand se met en quête de découvrir l'origine de ces fréquences mystérieuses qui ne ressemblent pas aux raies spectrales habituelles des objets célestes. Il part pour un périple étonnant, dans un premier temps en Amérique du Sud. Chemin faisant, le lien entre fréquences des vibrations et perception humaine se révèle. La musique y joue un grand rôle, avec le son du tambour, la position des frettes sur les manches d'une guitare, le Quatuor pour la fin du Temps d'Olivier Messiaen.
Très vite, la physique et les mathématiques interviennent : la lumière, de l'infrarouge à l'ultraviolet, les codes-barres, l'aléa du quantique auquel va se mêler celui des topos du grand mathématicien Alexandre Grothendieck, dont on écoutera les motifs via son spectre en forme de moine encapuchonné. Enfin, celui, rebelle, des nombres premiers : l'hypothèse de Riemann serait-elle démontrée par des extraterrestres émetteurs du spectre mystérieux ? Les zéros de la fonction zêta semblent, en tout cas, régir ce qui, de vibration étrange, devient message de l'au-delà.