Le lien entre les deux « institutions » est naturel pour plusieurs raisons (lien naturel entre les centres d’intérêts, complémentarité de leurs actions respectives), même si les relations, au cours des temps ont connu diverses intensités, allant de la connivence affichée jusqu’à certaines distanciations et divergences de point de vue.
Plusieurs présidents sont d’ailleurs devenus Inspecteurs généraux, d’autres, Inspecteurs d’académie. L’APMEP constitue un lieu naturel d’expression, alors que les Inspecteurs généraux ont une obligation de réserve. Après 1945, les Associations de spécialistes ne participent plus aux travaux préparatoires à l’organisation future de l’enseignement et des horaires, même si l’APMEP est consultée sur les programmes. L’introduction des mathématiques modernes a été l’occasion de nombreux conflits. L’APMEP aurait bien apprécié la suppression de l’Inspection générale au bénéfice du développement des IREMS.
Si les rapports entre l’APMEP et l’Inspection générale sont naturellement étroits en raison des thèmes d’études, ils restent équilibrés et dans le respect partagé.